

All'interno della chiesa sono conservati i dipinti di famosi maestri, quali:
Il PERUGINO (Cristo Crocifisso tra e Marie e i Santi Monica, Girolamo, Battista e Agostino, 1502-1504),
Il SODOMA (Adorazione dei Magi, 1530 ca.),
FRANCESCO VANNI (Battesimo di Costantino, 1587),
RUTILIO MANETTI (Sant'Antonio tentato, 1630 ca.),
RAFFAELLO VANNI (Morte di San Tommaso da Villanova e Gloria di San Tommaso da Villanova, 1664).
Inoltre sono presenti opere di Stefano Volpi (1590), Pietro Sorri (1600), Alessandro Casolani e Ventura Salimbeni (1613), Astolfo Petrazzi (1631), Giovanni Francesco Romanelli (1640), Carlo Maratta (1665-1671), Niccolò Franchini (1755), Sebastiano Conca (1763) e Giovanni Bruni (1850-1853).
Gli affreschi e gli altari in materiale lapideo sono descritti nelle apposite sezioni.